微生物修復是利用大然存在的或人工培養的功能微生物群，在適宜環境條件下，促進或強化微生物代謝功能，從而達到降低有毒污染物活性或降解成無毒物質，減少或避免生態風險的生物修復技術，在土壤環境修復中它已成為污染土壤修復技術的重要組成部分。在實際運行中就是利用微生物的作用降解土壤中的有機污染物，或者通過生物吸附和生物氧化、還原作用等改變有毒元素的存在形態，所以微生物修復既可以用于修復受有機物污染的土壤，也可以用于修復某些受重金屬污染的土壤。雖然微生物修復技術比較好，但也不是所有的污染土壤都可以用的，因此，土壤修復設備在污染土壤修復選用微生物修復技術時必須具備一定的條件。

        污土壤修復設備選用微生物修復技術必須具備兩個方面的條件：一是土壤中存在著多種多樣的微生物，這些微生物能夠適應變化了的環境，具有或產生酶，具備代謝功能，能夠轉化或降解土壤中難降解的有機化合物，能夠轉化或固定土壤中的重金屬；二是進入土壤的有機化合物大部分具有可生物降解性，即在微生物的作用下由大分子化合物轉變為簡單小分子化合物的可能性，進入土壤的重金屬具有微生物轉化或固定的可能性。只有具備了上述兩方面的條件，微生物修復才有可能實現，另外微生物修復重金屬污染土壤的效果也受土壤營養、電子受體、電子供體、共代謝基質等土壤環境的影響。
        在微生物修復工程的實際應用中，目前大多數都是采用土著微生物。其原因一方面是由于土著微生物降解污染物的潛力較大，另一方面因為外源微生物在環境中難以保持較高的活性，基因工程菌的應用目前仍受到較嚴格的限制。引進外源微生物和基因工程菌時必須注意其對土著微生物的影響。單一微生物很少具有降解多種污染物的能力。因此在污染物的實際處理過程中，必須考慮要接種多種微生物，或者激發多種土著微生物的活性。